او سال ۲۰۰۱ مستند بلند Latina/Littoria را ساخت که برنده بهترین فیلم غیرداستانی جشنواره تورینو و جایزه Rai در جشنواره سینمای مدیترانه شد.
مستند «به آتشفشان» Sul Vulcano او که در ۲۰۱۴ تهیه شد، به جشنواره لوکارنو سوئیس راه یافت. در سال ۲۰۱۵ همم مستند «کوچکت رین کشور جهان» را ساخت که برنده جایزه روبان نقره‌ای شد.
مستند Ambrogio Sparagna Lascia stare I santi وی نیز از منتخبان جشنواره رم در سال ۲۰۱۶ بود.
آخرین پروژه مستند پانونه «دنیای زا» MONDO ZA است که با موضوع چزاره زاواتینی یکی از پیشگامان سینمای نئورئالیسم ایتالیا ساخته شده و در جشنواره امسال سینماحقیقت روی پرده می‌رود.
جان‌فرانکو پانونه به آموزش فیلمسازی مستند در شهر رم مشغول است و همچنین به عنوان استاد در مقطع کارشناسی ارشد سینما و تلویزیون، در دانشگاه شهر ناپل ایتالیا به تدریس می‌پردازد.
دوازدهمین دوره جشنواره بین‌المللی فیلم مستند ایران «سینماحقیقت» ۱۸ تا ۲۵ آذرماه ۱۳۹۷ با دبیری سیدمحمدمهدی طباطبایی‌نژاد در پردیس سینمایی چارسو برگزار خواهد شد.
